Baltymų pėdsakų geometrinių iškraipymų šalinimas dvimatės elektroforezės gelių vaizduose

Abstract

Magistro baigiamajame darbe nagrinėjama dvimatės elektroforezės gelių (DEG) vaizdų geometrinių iškraipymų problema. Dvimatė elektroforezė yra biocheminis tyrimas, skirtas mėginio baltymų išrūšiavimui. DEG vaizdai naudojami baltymų pokyčiams nustatyti, tiriant ląstelių ir audinių sudėtį. DEG vaizdų geometrinių iškraipymų neįvertinimas lemia diagnostikos ir paieškos klaidas, gaištamas laikas kartojant tyrimus. Darbo tikslas pasiūlyti ir ištirti dvimatės elektroforezės gelių vaizdų baltymų pėdsakų geometrinių iškraipymų šalinimo sudėtinius algoritmus. Atliekant analitinę literatūros apžvalgą, pagrindžiamas pasirinktas geometrinio iškraipymo nustatymo būdas, geometrinės transformacijos, tinkančios apdoroti DEG vaizdams. Siūloma alternatyvių algoritmų sudarymo strategija, išskaidant algoritmus į sudedamąsias elementarias dalis. Įgyvendintiems algoritmams pasiūlyti ir atlikti natūriniai bei imitacinių vertinimo rodiklių tyrimai. Suformuluotos rekomendacijos.

The problem of two-dimensional gel electrophoresis (2DE) image geometric distortion is analyzed in this master's thesis. Two-dimensional electrophoresis is a biochemical research for a sample of protein sorting. 2DE images are used to identify the protein changes, investigating cell and tissue composition. The problem of 2DE image geometric distortion is in terms of qualitative and temporally. The aim is to offer and explore the composite algorithm that eliminates geometric distortion in protein spots in 2DE gel images. Literature review approved the selected geometric distortion method and appropriate transformation of 2DE image. Offered strategy for alternative algorithms decomposition, breaks down algorithms into its constituent elementary parts. Algorithm to perform quality research and recommendations formed.