Rodyti trumpą aprašą

dc.contributor.authorServienė, Elena
dc.contributor.authorLukša, Juliana
dc.contributor.authorVepštaitė-Monstavičė, Iglė
dc.contributor.authorUrbonavičius, Jaunius
dc.date.accessioned2023-09-18T16:48:51Z
dc.date.available2023-09-18T16:48:51Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.issn1392-0146
dc.identifier.other(BIS)VGT02-000033258
dc.identifier.urihttps://etalpykla.vilniustech.lt/handle/123456789/117166
dc.description.abstractNumerous yeasts produce toxic compounds to fight the competitors. Such compounds include small molecules (like antibiotics), antibiotic peptides, and also larger proteins, including killer toxins. Their ability to affect the cell depends on the host factors modulating the killing activity. Here we describe a robotics-based method to advance the genome-wide screening for the host factors affecting sensitivity of budding yeast to the killer toxins using the K2 system as the model. We demonstrate that arraying the mutant library on the agar plates containing the K2 killer toxin-producing strain and/or purified toxin (“survival” assay) increases the sensitivity and speed of the screen and decreases the costs compared to the traditional “killer” assay. We show the applicability of a new screening method of searching for the host factors using a killer strain isolated from agricultural plant environment. In addition, the “survival” assay allows identification of previously undetected factors that could be the “missing links” in the pathways of toxin-induced cellular responses.eng
dc.description.abstractDaugelis mielių rūšių gamina toksinus, skirtus kovai su konkurentais. Tokios medžiagos gali būti mažos molekulės (antibiotikai), peptidai ir didesni baltymai – žudantys toksinai. Jų poveikis ląstelei priklauso nuo šeimininko veiksnių, moduliuojančių žudymo lygį. Mes aprašėme roboto panaudojimu pagrįstą metodą, pagerinantį šeimininko veiksnių atranką iš S. cerevisiae mielių genomo, kai modeliu buvo pasirinktas K2 toksinas. Nustatyta, kad kamienų iš mielių mutantų bibliotekos auginimas ant agaro lėkštelių su K2 toksiną išskiriančiu kamienu ir / arba išgrynintu toksinu („išgyvenimo“ metodas) padidina atrankos greitį ir jautrumą bei sumažina savikainą, palyginti su tradiciniu „žudymo“ metodu. Pademonstruotas naujo patikros metodo pritaikymas šeimininko koduojamų veiksnių paieškai naudojant iš žemės ūkio augalų aplinkos išskirtą žudantį mielių kamieną. „Išgyvenimo“ metodas taip pat leidžia nustatyti anksčiau neišskirtus veiksnius, kurie gali būti toksino indukuoto ląstelės atsako „trūkstamos grandys“.lit
dc.formatPDF
dc.format.extentp. 268-275
dc.format.mediumtekstas / txt
dc.language.isoeng
dc.relation.isreferencedbyVINITI
dc.relation.isreferencedbyCentral & Eastern European Academic Source (CEEAS)
dc.relation.isreferencedbyCAB Abstracts
dc.relation.isreferencedbyAcademic Search Complete
dc.relation.isreferencedbyISI Master Journal List
dc.source.urihttp://www.lmaleidykla.lt/ojs/index.php/biologija/article/view/3413/2218
dc.subjectFM01 - Biokatalitinių procesų modeliavimas / Modelling of biocatalytic processes
dc.titleA quick and reliable method for genome-wide host factor screening of Saccharomyces cerevisiae killer toxins
dc.title.alternativeGreitas ir patikimas šeimininko veiksnių, moduliuojančių mielių žudančių toksinų poveikį, atrankos metodas
dc.typeStraipsnis kitoje DB / Article in other DB
dcterms.references14
dc.type.pubtypeS3 - Straipsnis kitoje DB / Article in other DB
dc.contributor.institutionVilniaus Gedimino technikos universitetas Gamtos tyrimų centras
dc.contributor.institutionGamtos tyrimų centras
dc.contributor.institutionVilniaus Gedimino technikos universitetas Vilniaus universitetas
dc.contributor.facultyFundamentinių mokslų fakultetas / Faculty of Fundamental Sciences
dc.subject.researchfieldN 010 - Biologija / Biology
dc.subject.researchfieldT 005 - Chemijos inžinerija / Chemical engineering
dc.subject.ltspecializationsL105 - Sveikatos technologijos ir biotechnologijos / Health technologies and biotechnologies
dc.subject.ltSaccharomyces cerevisiae
dc.subject.ltK2 toksinas
dc.subject.ltAtranka iš genomo
dc.subject.ltKolonijas pernešantis robotas
dc.subject.enSaccharomyces cerevisiae
dc.subject.enK2 toxin
dc.subject.enGenome-wide screen
dc.subject.enPinning robot
dcterms.sourcetitleBiologija
dc.description.issueno. 4
dc.description.volumevol. 62
dc.publisher.nameLietuvos mokslų akademijos leidykla
dc.publisher.cityVilnius
dc.identifier.elaba20227905


Šio įrašo failai

FailaiDydisFormatasPeržiūra

Su šiuo įrašu susijusių failų nėra.

Šis įrašas yra šioje (-se) kolekcijoje (-ose)

Rodyti trumpą aprašą