Audinės augimo hormono intarpinių kūnelių, susidariusių E. coli, kiekybinė ir kokybinė analizė

Abstract

Šis darbas skirtas įvertinti rekombinantinio audinės augimo hormono (aAH) intarpinių kūnelių, susiformavusių E. coli, sudėtį esant skirtingoms induktoriaus koncentracijoms. Buvo lyginamas nežinomų baltymų kiekis netirpioje frakcijoje tarp skirtinga induktoriaus koncentracija indukuotų kultūrų. Naudotos induktoriaus IPTG koncentracijos: 500 μM (kontrolė), 50 μM ir 10 μM. Kultivacija atlikta esant 25 ⁰C temperatūrai, mėginiai surinkti praėjus 27 val. po indukcijos. Baltymų kiekio skirtumai įvertinti 2-D NaDS-PAAG elektroforezės metodu, geliai išanalizuoti Progenesis SameSpots programa, rezultatai įvertinti statistiškai. Dominantys baltymai išanalizuoti tandeminiu MS/MS masių spektrometru Orbitrap Velos, sujungtu su UPLC Waters nanoAcquity chromatografu. Baltymai identifikuoti Sprot duomenų bazėje naudojant MASCOT programą. Identifikuoti 6 baltymai. Nustatytas didesnis šaperono DnaK ir fermento beta-laktamazės TEM kiekis, kai indukcija yra žema. Periplazminio oligopeptidus surišančio baltymo kiekis, esant žemai indukcijai, yra mažesnis lyginant su kontrole. Darba sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodinė dalis, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 56 p., 7 iliustr., 5 lent., 66 bibliografiniai šaltiniai.

The aim of this work was to investigate the recombinant mink growth hormone (mGH) inclusion bodies composition, formed in E. coli induced with different concentrations of inductor. Unknown proteins quantity in insoluble fraction was compared between cultures induced with different inductor concentrations. Different concentrations of inductor was used: 500 µM (control), 50 µM and 10 µM. Cell cultivation was performed at 25 ⁰C degree and samples were collected 27 hours after induction. To assess quantitative differences between samples 2-D SDS-PAGE electrophoresis method was used, gels were processed with Progenesis SameSpots program and results were statistically analyzed. Proteins of interest were analyzed with MS/MS mass spectrometer Orbitrap Velos coupled with UPLC Waters nanoAcquity chromatograph. Proteins were identified with MASCOT program in Sprot database. Six proteins were identified. Higher amount of chaperone DnaK and enzyme beta-lactamase TEM was detected in samples with low induction. Lower amount of periplasmic oligopeptide-binding protein was detected in samples with low level of induction compared with control samples. Structure: introduction, part of theory, experimental part, results and discussion, conclusions, references. Thesis consist of: 56 p., 7 pictures, 5 tables, 66 bibliographical entries.