Rodyti trumpą aprašą

dc.contributor.authorMolytė, Alma
dc.contributor.authorUrnikytė, Alina
dc.contributor.authorKučinskas, Vaidutis
dc.date.accessioned2023-09-18T20:23:47Z
dc.date.available2023-09-18T20:23:47Z
dc.date.issued2019
dc.identifier.issn1392-0138
dc.identifier.urihttps://etalpykla.vilniustech.lt/handle/123456789/149631
dc.description.abstractPopulation genetic structure is one of the most important population genetic parameters revealing its demographic features. The aim of this study was to evaluate the homogeneity of the Lithuanian population on the basis of the genome-wide genotyping data. The comparative analysis of three methods – multidimensional scaling, principal components, and principal coordinates analysis – to visualize multidimensional genetics data was performed. The results of visualization (mapping images) are also presented.eng
dc.description.abstractĮvadas. Vienas svarbiausių populiacijos genetikos pa­rametrų yra populiacijos genetinė struktūra, atsklei­džianti demografinius populiacijos ypatumus. Tyrimo tikslas – nustatyti Lietuvos populiacijos homogenišku­mą remiantis viso genomo skenavimo duomenimis. Daugiamačiams genetiniams duomenims vizualizuoti buvo atlikta lyginamoji trijų metodų analizė: daugiamačių skalių, pagrindinių komponenčių ir pagrindinių koordi­načių. Taip pat pateikti vaizdai, gauti vizualizavimo metu.Medžiaga ir metodai. Duomenų imtį sudarė 425 asmenys iš šešių Lietuvos populiacijos etnolingvistinių grupių. Tiriamųjų asmenų DNR buvo išskirta iš krau­jo leukocitų fenolio–chloroformo ekstrakcijos meto­du bei automatizuota DNR išskyrimo sistema Tecan Freedom EVO. DNR genotipavimas atliktas naudo­jant VNP Illumina HumanOmniExpress­12 v1.1 ir Infinium OmniExpress­24 lustus Vilniaus universiteto Biomedicinos instituto Žmogus ir medicininės geneti­kos katedroje. Lietuvos populiacijos homogeniškumui įvertinti buvo naudojamas PLINK duomenų failas pa­sitelkus PLINK v1.07 programą. Genotipo duomenys buvo vizualizuoti daugiamačių skalių ir pagrindinių komponenčių metodu PAST3 programa. Populiacijos genetinei struktūrai nustatyti pagrindinių kompo­nenčių metodu buvo naudojama TheSmartPCA from EIGENSOFT 7.2.1 programa.Išvados. VertinantLietuvos populiacijos genetinę struktūrą buvo ištirti ir palyginti daugiamačių skalių, pagrindinių koordinačių ir pagrindinių komponenčių metodai. Gauti rezultatai parodė, kad genotipo duo­menų vizualizavimui geriau naudoti pagrindinių ko­ordinačių ir pagrindinių komponenčių metodus, nes gauti rezultatai yra panašūs, palyginti su daugiamačių skalių metodu. Lietuvos populiacija yra homogeniš­ka, o vizualizuoti duomenys yra glaudžiai susiję, kai naudojami pagrindinių koordinačių arba pagrindinių komponenčių metodai.lit
dc.formatPDF
dc.format.extentp. 211-216
dc.format.mediumtekstas / txt
dc.language.isoeng
dc.relation.isreferencedbyIndex Copernicus
dc.relation.isreferencedbyMEDLINE
dc.relation.isreferencedbyIndex Academicus
dc.source.urihttps://doi.org/10.6001/actamedica.v26i4.4206
dc.titleA comparative analysis of mathematical methods for homogeneity estimation of the Lithuanian population
dc.title.alternativeMatematinių metodų, taikomų lietuvos populiacijos homogeniškumui nustatyti, lyginamoji analizė
dc.typeStraipsnis kitoje DB / Article in other DB
dcterms.references9
dc.type.pubtypeS3 - Straipsnis kitoje DB / Article in other DB
dc.contributor.institutionVilniaus universitetas Vilniaus Gedimino technikos universitetas
dc.contributor.institutionVilniaus universitetas
dc.contributor.facultyFundamentinių mokslų fakultetas / Faculty of Fundamental Sciences
dc.subject.researchfieldN 009 - Informatika / Computer science
dc.subject.researchfieldN 010 - Biologija / Biology
dc.subject.vgtuprioritizedfieldsFM0101 - Fizinių, technologinių ir ekonominių procesų matematiniai modeliai / Mathematical models of physical, technological and economic processes
dc.subject.ltspecializationsL105 - Sveikatos technologijos ir biotechnologijos / Health technologies and biotechnologies
dc.subject.ltgenotipavimas
dc.subject.ltdaugiamatės skalės
dc.subject.ltpagrindinės komponentės
dc.subject.ltpagrindinės koordinatės
dc.subject.ltgenotipinių duomenų vizualizavimas
dc.subject.engenotyping
dc.subject.enmultidimensional scaling
dc.subject.enprincipal components
dc.subject.enprincipal coordinate analysis
dc.subject.engenotypes data visualization
dcterms.sourcetitleActa medica Lituanica
dc.description.issueno. 4
dc.description.volumevol. 26
dc.publisher.nameLietuvos mokslų akademijos leidykla
dc.publisher.cityVilnius
dc.identifier.doi10.6001/actamedica.v26i4.4206
dc.identifier.elaba56550546


Šio įrašo failai

FailaiDydisFormatasPeržiūra

Su šiuo įrašu susijusių failų nėra.

Šis įrašas yra šioje (-se) kolekcijoje (-ose)

Rodyti trumpą aprašą