Silpnųjų panašumų baltymo sekoje identifikavimas

Abstract

Šiame darbe slenkančio lango algoritmas taikomas pasirinktos baltymų grupės būdingų fragmentų paieškai ir jų būdingumo įvertinimui. Toks vertinimas leidžia spręsti kokios baltymo sekos dalys ar pavieniai fragmentai yra būdingi (populiarūs) pasirinktoje baltymų grupeje panašiai kaip tai daroma konservuotų sekos sričių paieškos atveju [lj. Šio darbo tikslas buvo įvertinti struktūriškai giminingų baltymų klasėse (pagal SCOP klasifikacija) rastų sekų bendrybinių rajonų sąsajas su toms klasėms būdingu antrinių struktūrinių elementų sąstatu.

In the present work sliding window procedure was used on searching for characteristic sequence features of chosen protein group. Algorithm is based on cumulative concentration of weak similarities detected between protein sequences within given group of proteins. Use of various protein groups as controls let us filter out most of biologically less significant similarities. The method tested on identifying common protein sequence features for SCOP protein classes. Obtained data supported and fulfilled current SCOP descriptions of structural classes.